Það eru níu áskoranir til að einbeita sér að þegar probiotics eru innlimuð í matvælafylki. Þau eru: 1. stofnval, 2. stofnframleiðsla, 3. hvernig á að sáð matvæli, 4. hvernig á að tryggja lifun meðan á vinnslu stendur, 5. hvernig á að forðast tap á lífvænleika við geymslu, 6. hvernig á að reikna út [Probiotics] Fjöldi nýlendna , 7. Áhrif á skynjun matvæla, 8. [Varðveisla vöru] stöðugleika á heimilum neytenda, 9. Og gegna hlutverki í meltingarvegi.
Nánar tiltekið, í safi, koma lífrænar sýrur oft niður fyrir pH vörunnar undir 4, sem mun hindra lifun probiotics. Við val ætti að huga að þeim probiotics sem þola lágt pH, eins og Lactobacillus over Bifidobacterium.