Rannsóknir hafa sýnt að þarmaflóran gegnir mikilvægu hlutverki í uppbyggingu þarmaþröskuldar, aðallega með eftirfarandi þáttum.
(1) Mynda líffilmuhindrun
Eðlileg lífeðlisfræðileg þarmaflóra getur fest sig við þarmaslímhúðina til að mynda líffilmuhindrun. Líffilmuhindrun í þörmum getur myndað steríska hindrun, sem kemur í veg fyrir að skaðlegar bakteríur komist í snertingu við þarmaslímhúð. Á sama tíma geta sum probiotics einnig framleitt bakteríudrepandi efni eins og bakteríusín og vetnisperoxíð. Að auki geta sumar bakteríur í þörmum einnig umbrotnað til að framleiða stuttar fitusýrur, lækka sýrustig í meltingarvegi og hindra vöxt og æxlun skaðlegra baktería. Þess vegna tekur þarmaflóran þátt í byggingu fyrstu þarmahindrunarinnar.
(2) Stuðla að myndun slímþröskuldar
Slímhindrun í þörmum er aðallega samsett úr mucini og immúnóglóbúlíni A sem seytt er af þarmabikarfrumum og þekjufrumum. Slímín bindast bakteríum í þörmum og kemur í veg fyrir að skaðlegar bakteríur bindist þekju í þörmum. Immúnóglóbúlín A hefur mótefnavirkni gegn ákveðnum vírusum, bakteríum og almennum mótefnavökum. Það er mikilvæg hindrun í slímhúð í þörmum og fyrsta varnarlínan til að koma í veg fyrir að sýklar ráðist inn í líkamann. Rannsóknir hafa leitt í ljós að eðlileg þarmaflóra getur örvað þekjufrumur í þörmum til að seyta músíni og immúnóglóbúlíni A, og stuðlað að myndun slímþekjunnar.
(3) Hafa áhrif á myndun þekjufrumna í þörmum
Þekjufrumur í þörmum aðgreina sig frá fjölhæfum stofnfrumum í dultum. Rannsóknir hafa leitt í ljós að eðlileg flóra í þörmum getur haft áhrif á aðgreiningu þekjufrumna í þörmum. Til dæmis geta Clostridium butyricum og umbrotsefni þess stuðlað að fjölgun þekjufrumna í þörmum. Á sama tíma eru þröngar tengingar milli þekjufrumna í þörmum, sem geta í raun komið í veg fyrir innrás skaðlegra efna í þörmum. Þarma örvera getur haft áhrif á tjáningu tight junction próteina og þar með haft áhrif á heilleika þarmahindrunarinnar.
(4) Hefur áhrif á starfsemi ónæmishindrana í þörmum
Ónæmishindrun í þörmum samanstendur af eitilvef í þörmum og seytingarimmunóglóbúlínum í þörmum. Ónæmishindrun getur örvað seytingu slíms í þörmum og flýtt fyrir flæði slímlagsins og þannig komið í veg fyrir viðloðun baktería og landnám. Rannsóknir hafa leitt í ljós að tilvist eðlilegrar þarmaflóru er lykillinn að þróun eitlakerfis þarmanna. Eftir að þarmaflóran er drepin með sýklalyfjum getur þarmaeiti ekki þróast eðlilega og verður veikt og ónæmið veikst! Probiotics eins og Clostridium butyricum geta virkjað ónæmiskerfið. Tjáning frumna og immúnóglóbúlína gegnir mikilvægu hlutverki við að bæta ónæmishindranir í þarmaslímhúðinni.